Un laboratoire international à l’avant-garde de la virologie

Laboratory-virology
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En cette veille des Prix Sanofi – Institut Pasteur 2015, le docteur Marco Vignuzzi vient de terminer la présentation détaillée de ses travaux sur la prédiction des mutations virales du virus chikungunya. Malgré le registre technique de sa conférence, les journalistes et blogueurs réunis pour l’occasion l’ont écouté avec attention.

 

 

Nous suivons désormais le docteur Vignuzzi pour une visite du laboratoire où il a réalisé d’importantes avancées biomédicales avec l’aide de son équipe.  

 

Des chercheurs du monde entier

 

 

La visite se fait à l’Institut Pasteur de Paris, une fondation privée à but non lucratif consacrée au traitement et à la prévention des maladies. Quelques 1 500 chercheurs venus du monde entier y travaillent dans des domaines très variés, qui vont de la microbiologie et des maladies infectieuses jusqu’aux neurosciences, la génétique ou encore la biologie du développement.  

 

Avec un budget de fonctionnement de plus de 280 millions d’euros, cette fondation dispose d’un réseau de 32 instituts basés dans 25 pays présents sur tous les continents et parmi lesquels sont réparties 130 unités de recherche. Grâce à ce déploiement de moyens mis au service de la science, 10 membres de l’Institut Pasteur ont déjà reçu un prix Nobel.  

 

Après la traversée de l’atrium, vaste structure en verre et acier, nous arrivons au dernier étage où se trouve, depuis 2008, le laboratoire du docteur Vignuzzi, lauréat 2015 de la catégorie « Junior » du prix Sanofi – Institut Pasteur dans le domaine « Maladies tropicales et négligées ».  

 

La transparence des parois de verre délimitant le laboratoire semble illustrer le combat des chercheurs qui s’y emploient à percer les mystères de la nature.   Deux techniciens, trois ou quatre étudiants postdoctoraux et deux ou trois doctorants, ainsi que des professeurs et chercheurs invités, travaillent à l’intérieur.  

 

 

Au carrefour de la biologie et des mathématiques

 

 

Le docteur Vignuzzi nous présente à l’équipe avant de nous expliquer les fonctions des différentes pièces. L’une d’elles abrite l’étude du virus coxsackie, qui peut causer une myocardite ou l’inflammation d’un muscle de la paroi cardiaque. Il nous rassure vite en expliquant que la plupart d’entre nous ont déjà contracté le virus dans l’enfance, sous forme du syndrome « pieds-mains-bouche ».  

 

La visite se poursuit dans une pièce où se trouvent plusieurs machines cubiques compactes qui vrombissent en continu : des séquenceurs à haut débit capables de lire des codes génétiques avec une grande efficacité. Le futur lauréat nous explique que son laboratoire fut l’un des premiers à utiliser ces appareils de nouvelle génération pour séquencer l’ARN. « Ils sont capables de produire plus d’un milliard de séquences en seulement neuf heures, » ajoute-t-il. « C’est 100 fois plus rapide que les premières machines qui sont sorties en 2009. »    

 

 

 

 

Il précise que la difficulté n’est pas de séquencer le code, mais plutôt de traiter les énormes quantités de données produites par ces machines et face auxquelles les biologistes n’étaient pas préparés. Aujourd’hui, ils travaillent avec des bio-informaticiens, et plus particulièrement avec des mathématiciens. « Ils ne voient pas des virus, mais plutôt des vecteurs qui se déplacent dans une certaine zone par rapport à leur séquence, » dit-il.

« Le défi consiste à identifier les séquences qui émergent, prennent de l’importance et peuvent être identifiées comme une mutation. »

 

Tout au long de notre visite, nous rencontrons des chercheurs et étudiants postdoctoraux absorbés par leur travail. « J’ai passé plusieurs années en Californie, » explique le docteur Vignuzzi.

« Alors je dirige mon laboratoire selon le style californien : il n’y a pas vraiment d’horaires. Mais comme les virus ont un cycle de 12 heures, même si nous quittons le laboratoire pour aller faire du sport ou quoi que ce soit d’autre, nous devons être de retour pour la fin du cycle. »

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